Alors que les Spies sont en train d'effectuer une mission de routine pour arrêter le cambriolage d'une banque, elles remarquent quelque chose de très bizarre : quelqu'un en costume de super-héros cousu main essaie lui aussi d'arrêter le voleur. Ce "super-héros" fait maison n'est autre que... Arnold! Totally Spies! raconte l'histoire de Sam, Alex et Clover, trois jeunes étudiantes qui travaillent pour le WOOHP en tant qu'agent secrets. Ensemble, elles luttent contre des super-vilains dans le but de protéger l'humanité!
